Bist du denn sicher, dass beim Empfänger Müll ankommt und deine Ansichtseinstellungen nicht einfach nur falsch sind? Bei einer Antwort dürfte die Verwendung des originalen Zeichensatzes der Mail schon richtig sein, sonst müssen die Texte noch mal vollständig neu kodiert werden. Wenn du eine Mail in einem Zeichensatz bekommst, so dass du die Inhalte verstehen kannst, kann The Bat! ja problemlos davon ausgehen, dass du im gleichen Zeichensatz auch zurück schicken kannst und verstanden wirst.
ISO-8859-1 ist eigentlich ohnehin Quatsch, das hat sich irgendwann mal eingebürgert,. aber Standard unter Windows ist windows-1252, der nicht deckungsgleich ist. Interessanterweise scheint The Bat! per default windows-1250 zu nutzen, keine Ahnung warum, scheint aber in der Masse der Fälle auch zu funktionieren.
Wenn ich in der aktuellen Version alte Mails angucke, sehen die alle richtig aus, wenn ich auf die antworte ebenfalls, sowohl beim Tippen, im Ausgang/Versand und auch beim Empfang. In meinen Kontoeinstellungen habe ich für neue Mails UTF-8 eingestellt, was mittlerweile sinnvoll sein dürfte, und auch solche Mails kann ich überall richtig sehen und beantworten etc.
Wie sehen deine Einstellungen im Menü "Ansicht\Zeichensatz" aus bei den entsprechenden Mails denn aus? Bei mir werden bei der Einstellung "Automatische Erkennung" dort einige windows-1250-Mails, die The Bat! aus irgendeinem Grund so erzeugt hat, immer als kyrillisch identifiziert und dann kommen natürlich falsche Buchstaben. Das kannst du unter Ansicht/Zeichensatz/Zeichensatzliste der entsprechenden Mail sehen, dort ist dann der aktuelle Zeichensatz ausgewählt.
Also du musst erst mal gucken, was in den Mails für ein Zeichensatz steht, sowohl im Original, als auch bei deiner erzeugten Antwort, dann deine Ansichtsoptionen für die Mail prüfen und dann im Zweifel die Ansichtsoptionen auf das Einstellen, was in der Mail definiert ist. Einfach immer ISO-8859-1 einstellen wollen ist eigentlich falsch. Für neue Mails würde ich im Konto UTF-8 einstellen und unter Benutzereinstellungen/Weitere.../Zeichensätze kann man auch noch Zeichensätze aktivieren/deaktivieren. Dort fehlen dir vielleicht welche, interessanterweise ist per default windows-1252 nicht aktiviert, was ziemlich verwunderlich ist.
Ich tippe mal die Verwendung von windows-1250 ist einfach ein Bug, weil die Entwickler Osteuropäer sind und diese Codepage dort gängig ist, bei uns aber wohl eher nicht. Also vielleicht musste noch windows-1252 aktivieren und dann erkennt The Bat! solche Mails auch richtig, bei mir war es bisher nicht nötig.