Среди прочих действий в сортировщике писем можно настроить выполнение произвольной программы и передать ей в качестве аргумента имя файла с письмом.

Вопрос: можно ли использовать результаты работы программы как условие для фильтра?

Например так: первое правило обрабатывает все входящие письма, и дописывает некоторую строку XXX в заголовок; второе правило срабатывает после первого только если строка XXX в заголовке есть.