теоретически:

Свои первые писма Папка1 вы отправляете без ответа.
Следовательно в этих письмах будет заголовок
In-Reply-To:
Или в нем не будет префикса Re: (в теме)
(папка 1)

В ответных письмах вам
будет и заголовок In-Reply-To и префикс RE: в теме.
(папка 2)

И в письмах от вас в ответ на их такде будет и заголовок и префикс Re

Этого мало?


Потом можно попробовать поанализировать заголовок
References: <559613463.20070604114952@aaa.ru> <455707559.20070604144537@bbb.com> <1474291474.20070604175815@aaa.ru>
тут перечислены все письма которые были до этого.
То есть если три элемента, то это уже четвертое письмо в цепочке.
Проанализировать это можно регулярными выражениями, иди макросами из плагинов.
То есть сортировщиком положить в папку в имя которой прошить макрос, который "придумает" имя папки.


Вот например у меня письма ложатся в папку:
\\RSS\Inbox\%OHEADER("X-parent-outline-title")\%OHEADER("X-outline-title")

То есть имена "папок" приходят ко мне напрямую в заголовках письма.
Или число в префиксе Re[6]:

Но обе этих фишки менее надежны.
Аутлук по умолчанию не использует нумерацию в Re.