Из того, что сам нарыл... Файл обзывается serverinfo.ini, кладется в несколько мест: %ProgramFiles%\The Bat!\Server
sInfo\ для всех, %APPDATA%\The Bat!\Mail\ (или куда там выбрали сохранять почтовый ящик) персональный.
Содержание где-то такое:
на каждый почтовый домен создается секция
[mail.ru]
username=name или email
default=pop или imap
POP=pop.mail.ru
POPTLS=Yes или No
IMAP=imap.mail.ru
IMAPTLS=Yes
SMTP=smtp.mail.ru
SMTPTLS=Yes или No
Как отключить SMTP аутентификацию я не разобрался. Если кто нарыл больше - делитесь, так как из разработчиков и поддержки ничего выдавить не получается. Зато несколько раз анонсировали эту фишку
Да, файлы используются все, в каком порядке не выяснял. Плюс еще в интернете у себя на сайте проверяют.