Есть небольшая разница между всеми старыми письмами и вновь приходящими.

Все делается через систему фильтров Shift+Ctrl+S.

Что там именно непонятно?
И о какой версии идет речь? Тут разница между версиями 2.x и 3.х кардинально разная.

Значит так.
Первым делом надо создать цветовые группы.

Идешь в Options - Preferences - Messages - Color Groups and Font.

Создаешь там всякие разные цветовые вариации которые ты будешь назначать письмам.
Называешь все эти варианты хорошо и понятно.

Чтоб конкретному письму поменять цвет в списке, щёлкаешь на письме правой кнопкой и выбираешь пункт Color Group и далее один из созданных цветовых вариантов.

То же самое для нескольких писем сразу. Выделяешь их и жмешь правой кнопкой.

Чтоб изменить цвет для писем конкретного человека:
Например так: заходишь в поиск, вбиваешь email и нахожишь все его письма, выделяешь все письма Ctrl+A и жмешь правой кнопкой мыши....

Для вновь приходящих писем заходишь в сортировщик.
Создаешь правило. Создаешь в нем условие - ну там например email отправителя. Создаешь в нем действие - задать цветовую группу (в англ версии "set message colour") и выбираешь для него конкретную цветовую группу.

Вот так кратко.

Вроде бы на первый взгляд все правильно. Во всяком случае логика и технология.
Надо проверять детально:
Фильр находится в нужном ящике, наличие конкретного адресата в книге и в группе, детально сверить емайл, проверить галку активности фильтра....
Видать где-то не то....

Кстати:
Положи письмо для экспериментов во входящие.
Нажми на нём правой кнопкой и выбери Test Filters.
Это для быстрой проверки работоспособности фильтра.