Только папку целиком не знаю как защитить...
Вы хотите защитить папку от юзера, который работает на том же компьютере что и вы?
Но при этом вам приходится пользоваться одним ящиком на двоих?
От этого тоже может зависеть решение.

Создайте новый ящик с параметрами наобум (можно нерабочими). И перенесите письма или папку, которые вы бы хотели защитить туда. А вот новый ящик-то целиком и запаролить надо.

Или разделите ящик - создайте два ящика с аналогичными параметрами. Один защитите паролем.