Разобрался он, пля! Ну, какой молодец!  А написать, как разобрался, влом было? А может, просто стыдно было признаться, КАК разобрался? Может, просто переустанавливал, как чайник?

Короче, говоря, возникла у меня та же самая проблема. Задваивание полей кому, копия и т.д. Порылся в яндексе. Нашел ссылки на аналогичный вопрос, но ответа нигде нет! Зашел на этот форум, поиском выбрал темы. Решения нигде нет! Щелкнул по последней найденной ссылке - обана, проблему решили! А как? А так - "спасибо, разобрался". И больше нихрена! Смотрю, кто же этот умник, кому лень было написать решение - так это ж, сцуко, я!
Пришлось сидеть и разбираться самому, по второму разу.
Вот так. Думайте о других - самим может пригодиться!

Решение:
1 вопрос:
Закрываем программу TheBat на сервере. Удаляем файл config.cdb, запускаем сервер бат, создается новый config.cdb, дублирование полей исчезает. Юзеры апплодируют.

2 вопрос:
В том же каталоге найти файл groups.cfg и дать права на его изменение только той учетной записи, под которой работает серверный bat. Учетным записям пользователей оставить права только на чтение. Имеются ввиду разрешения NTFS, если кто не понял.
Было обнаружено, что клиентские части Бата изменяют этот файл, затирая сделанные администратором сервера последние изменения.

PS Версия программы 3.0.1.33, почтовых ящиков около сотни, размер почтового каталога 30 Гб, пашет как трактор 24/7 уже пятый год.