В "настройках" есть чекбоксы "сворачивать в системную панель" и "запускать при запуске Windows".

Я искал ответ в Google и здесь на форуме.
Самое лучшее решение, которое у меня есть, это написать небольшую программку, что после запуска "TheBat!" будет посылать окну "WM_CLOSE".

Есть решение проще? Например настройка в TheBat! или плагин.