Тоже такое было. Мучался месяцев 6. Пока не надоело и не пришлось разбираться основательно.
Это не проблема The Bata, действительно виноват windows.
Проблема заключается в том, что в настройках windows могут храниться типы файлов, не зарегистрированные ни для одной программы. Видимо The Bat по каким-то причинам не совсем корректно их фильтрует.
Решилось удалением таких типов файлов из:
Проводник-> меню "сервис" -> пункт "свойства папки" -> вкладка "типы файлов"
Просматриваете все расширения (кроме тех, в которых расширение называется "(НЕТ)"). Те расширения, которые в "Сведениях о расширении" в пункте "Приложение" не имеют ничего - удаляете. Удалять, правда, нужно с умом. Например: расширение .ACS (Microsoft Agent Charaster File) я не удалял, т.к. явно видно, что этому типу расширений приложение не требуется. Еще, "плохие расширения" обычно не имеют иконки.
(При переустановке windows таких расширений естественно не будет, поэтому она тоже должна помогать)
В принципе навредить системе удалением этих типов файлов нельзя, но если будете это делать - знайте: делаете НА СВОЙ СТРАХ И РИСК.

Версия Bata 3.99.3 (лицензия на месяц из журнала HiTechPro)