Хмм.. я предпочитаю использовать реестр и копирование файлов при выключенном Мыше.
Остальное мне не очень нравится, также как и встроенный бэкап.

Вот только вчера сделал миграцию на другой комп и в другую папку.
Снял слепок с реестра (только ветку Мыша ессно). Скопировал все файлы через флешку.
Поправил в слепке реестра пути (путь к базе, путь к запускному файлу).
Импортировал слепок реестра.
Запускаю Мыша - все на своих местах и пузырит.
И настройки, фильтры и даже скин никуда не делся.
То есть без бэкапов и вообще без никаких проблем.