Может кому-то поможет мой опыт.
Перечитал все вышеперечисленное - У меня ситуация такая-же с небольшими нюансами. Письма приходят пустые - пустая тема и т.д. Тело письма пустое. Но не всегда и бывает тело письма есть. Посылал через Bat! из одного ящика на другой - mail.ru, ukr.net, gmail.com - результат одинаков. Перешел на версию 3.99.29 - ничего не меняется.

 У меня стоит антивирусная защита - ESET Smart Security 3.0.672.0.  - Убрал ее (отключил файрвол и защиту от шпионских программ) - и все пошло как часы!
Буду разбираться с антивирусом  

Проблема  все таки в самом The Bat, а точнее в его антиспам модуле. Это он, если ему кажется что письмо спам, вносит все эти изменения в письмо и после сам же прочитать это письмо не может.
К сожаления отключить его совсем нельзя, но можно убрать все галочки и переключить радиопереключатель на максимальное, что бы он меньше писем считал спамом. Мне помогло, все письма, которые были пустыми стали отображаться нормально. Может это и не глюк, а задумано так. Что бы письма классифицированные как спам отображались но без текста письма. Хотя мне кажется это довольно странное и спорное решение. Обычно спам фильтры при достижении порога, помечают его как спам в заголовке письма но отображают его нормально. При достижении второго порога просто удаляют.