В руководстве расписано, что можно запускать программу с разными ключами, используя запуск из командной строки (см параметр /REG). Честно говоря, нужно очень догадаться, что так можно запускать несколько копий программы The Bat!

Ниже приведу пример реализации.
Исходное: есть множество ящиков и разросшаяся база с подключением по IMAP
Цель: разбить базу на две части по принципу «работа» / «дом». При необходимости одновременно запускать две копии программы The Bat! с подключением к этим независимым базам.
Реализация:
1) Создаем резервную копию базы, которую предполагаем разбивать на части, штатными средствами The Bat! (Инструменты/Резервная копия).
2) Проводим инсталляцию отдельного ключа запуска The Bat!, который будет работать с базой: «работа».
Для этого смотрим (в свойствах ярлыка The Bat!), какая там командная строка. Например, для 64 битной Windows стандартный вариант такой:
C:\Program Files\The Bat!\thebat64.exe
Тогда в командную строку Windows вводим команду: C:\Program Files\The Bat!\thebat64.exe /reg:work
Запустится стандартный вариант новой установки The Bat!. В процессе установки указываем путь к новой базе. Например, «Определяемый пользователем каталог», %APPDATA%\The Bat! Work и ставим галку: «Создать ярлык на рабочем столе».
На следующем шаге выскакивает окно «Создание нового почтового ящика». Тут оптимально выбрать «Восстановить из резервной копии».
- Далее обращаемся к файлу резервной копии, который создан на шаге 1 и восстанавливаем сюда только те почтовые ящики, которые логически относятся к «работе».
После того, как восстановление из резервной копии будет завершено, запустится программа The Bat! и там будут восстановленные ящики. Саму программу регистрируем имеющимся ключом и закрываем.
- Далее смотрим свойства созданного ярлыка на рабочем столе. В поле «Объект» меняем команду "C:\Program Files\The Bat!\thebat64.exe" на "C:\Program Files\The Bat!\thebat64.exe" /reg:work
- Сам ярлык переименовываем с «The Bat!» на «The Bat! Work». Это не обязательно, исключительно для удобства, чтобы различать ярлыки.
Собственно всё, ярлык для запуска базы «работа» готов.
3) Аналогично проводим инсталляцию отдельного ключа запуска The Bat!, который будет работать с базой: «дом».
Пункты те же, только небольшие корректировки с заменой work на home
...
C:\Program Files\The Bat!\thebat64.exe /reg:home
...
%APPDATA%\The Bat! Home
...
"C:\Program Files\The Bat!\thebat64.exe" /reg:home
Ярлык так же переименовываем со стандартного «The Bat!» на «The Bat! Home».
4) Теперь можно запускать одновременно две копии программы The Bat! с разными базами.

И последнее.
- Для наглядности сменил иконки у ярлыков «The Bat! Home» и «The Bat! Work», чтобы легче различать запущенные программы с  домашней и рабочей  базами.
- Не понравилось, что запущенные копии The Bat! в строке Windows с иконками размещаются каскадом, то есть иконка «The Bat! Home» закрывает «The Bat! Work». Удобнее, чтобы иконки были рядом.
Для этого в каталоге C:\Program Files\The Bat!\ я создал копию файла thebat64.exe, как thebat-64.exe
Далее в ярлыке «The Bat! Home» заменил командную строку с "C:\Program Files\The Bat!\thebat64.exe" /reg:home на "C:\Program Files\The Bat!\thebat-64.exe" /reg:home
После этого иконки одновременно запущенных копий The Bat! разместились рядом и сразу видно сколько непрочитанных писем для каждой программы.