на будущее, если проблема повториться, действовать ТОЛЬКО так:
Создайте в программе новую папку.
Скопируйте в неё только нужные письма из папки с проблемой.
Закройте программу и перейдите в проблемную папку на жестком диске. (Найти её можно по названию ящика - ему соответствует папка на диске с идентичным названием.) Удалите файлы из этой папки(только файлы, если есть подпапки - их не трогать). Загрузите программу.
Папка, в которой обнаружилась проблема, будет пуста.
При загрузке программа заново создаст файлы базы писем этой папки взамен удалённых. Ранее скопированные письма переместите обратно.

Боржоми:
1. Делайте бэкап. Рекомендую не перезаписывать бесконечно auto*.tbk, а создавать отдельные новые бэкапы. Это можно доверить планировщику. Также Вы можете бэкапить массивы писем в mbox-файлы (UNIX-ящики).
2. Не храните все письма во Входящих. Это небезопасно, неудобно и не очень умно.
3. Если для Вас важнее сохранность/восстановимость данных и менее важна секурность, то работайте с нешифрованной базой.
4. Я бы не стал хранить в Application Data и на системном диске вообще.

Скопируйте первым делом большие временные файлы в другом месте to make sure, а потом попробуйте создать пустые папки в Бате и помещайте уже при выгруженном Бате в соответсвующие папки по одному временному файлу переименовав его соответсвенно и запустите Бат.
Можно также попробовать потрошить сами временные файлы ФАРом 1.7 с плагином MailView.

делал .. говорит 0 сообщений импортировано

Тогда восстановить можно будет только из резервной копии. И на будущее проанализировать, что могло привести к повреждению файла - внезапное выключение компьютера, антивирус и тп

tbkDigger v2 на будущее.