Во-первых, я не помню на той версии, но на моей текущей 3.8х при сжатии при выходе появляется окошко с прогрессбаром. Это явный показатель - сжимает он или нет.
Выход может занимать до 20 секунд.
Сейчас у меня порядка 9-10 тысяч писем. Причем тяжелых вложений почти нет - все письма маленькие.
Вся база - примерно 70 мегабайт. Остальное в архивах на диске.

Второй момент.
Если папки не сжимаются, то они могут распухнуть.
Рекомендуется сжимать регулярно _все_ папки.
Прямая дорога в меню Папка - Управление папками.
При выходе из-за распухшести могут быть тормоза.

Третий момент.
Сжимать или не сжимать - это как свойство отдельной папки, так и свойство ящика.

Четвертый момент.
Работа антивируса и сильная фрагментация диска могут также доставлять неприятности в плане задержки.
Рекомендуется по возможности настроить антивир на непроверку tbb файлов, а отдать проверку плагину.