Если и можно то чисто теоретически.
Писать правила сортировки, возможно программы.

В действии "установить параметры пользователя" нельзя использовать макросы.

однако можно попробовать сделать это с помощью макросов:

%Userparams="переменная"
Извлекает значение переменной (которая должна быть выставлена в этой же сессии фильтрации). Может быть использован в действиях сортировщика, например: Переместить в папку %UserParams("FltFolder")

%SetUserParam("параметр", "значение")
Устанавливает переменную «параметр» в значение «значение». Может быть использован в сложном вложенном макросе. Смотрите также UserParam.

Остается найти макрос который бы придумывал уникальное число ID (наверное желательно подряд). Думаю это самое сложное тут.
Тут следует попробовать пройтись по плагинам, расширяющим макросы. Там были даже плагины с поддержкой javascript программ.
Если такой найдется, то далее надо пробовать правильно разрулить шаблоны пересылки письма и шаблон автоответа.

То есть: шаблон пересылки придумывает номер и устанавливает его в тему и в переменную.
Следующий шаблон автоответа вытягивает номер из переменной и вставляет в письмо.

Думаю из этой идеи может что-то и выйти путное.

ИМХО:
Может проще развернуть на сайте раздел bugtracker или тикетную систему, как на этом сайте например.