Базы писем шифруются не самим мастер паролем, а ключем шифрования, который устанавливается случайно при каждой установке. Мастер пароль используется лишь для защиты этого ключа шифрования. Поэтому если на разных машинах установить программу с одним и тем же мастер паролем, файлы баз писем не будут подходить от одного копьютера к другому.