А разве в справке к программе это недостаточно объяснено? Там целый раздел посвящён криптованию.
Относительно s/mime могу намекнуть, что нужно получить от certificate authority (thawte или verisign или кто там выдаёт бесплатные сертификаты; поиск в гугле) сертификат в формате PKCS#12 или X.509, который затем загрузить в бат.