Переустановил Windows, переустановил The Bat. Стал назначать папки на старое место, где уже хранились данные. И вижу, что куда-то пропали все письма из почтового ящика (единственного, который я пока воссоздал).

Получается, The Bat стирает старые письма при создании папки? Что же делать?

Другие папки, которые созданы вручную, даже не пришлось воссоздавать они появились сами, а вот папки почтовых ящиков -- нет.