>> но после перезапуска программы они снова на месте.
Я вот наоборот в одной из копий мышонка хочу их вернуть и не знаю как. Вон не помню, как же я их всё таки удалил на свою голову.

Это не лишние папки, это как бы основные папки мышонка. Куда антиспам, например, кидает во входящие те письма, что выбираешь как ошибочно определённые как спам. Тоже самое с корзиной - это типа "главная" корзина.

И те же исходящие из этих папок - накидаешь туда готовых писем, которые когда-нибудь потом хочешь отправить. В общем, для меня эти паразитные папки полезны.